La rivière Kilunguye prend sa source à 1050 m d'altitude dans les monts surplombant la vallée de la Lwama, au sud de la localité de Kalunga-Mugabo, à la frontière entre la province du Tanganyika et celle du Maniema. Le cours de la Kilunguye possède une orientation est-nord-ouest à travers une vallée située dans le bas plateau de Maniema, sur le territoire de Kabambare. La rivière Kilunguye marque également la limite sud du domaine de chasse de la Lwama-Kivu jusqu'à sa confluence avec la rivière Lwama, à 572 m d'altitude.

Elle est donc un sous affluent du fleuve Congo dans le sous-bassin du Lualaba en RD congo d'une longueur de 169 km. Elle possède plusieurs affluents peu renseignés àl'exception de la rivière Lubondoye.