La rivière Mongala se forme par la rencontre des rivières Ebola (eau blanche) et Dua (eau noire), à proximité de la localité de Businga sur le territoire du même nom, dans la province du Nord-Ubangi. Si l’on considère sa longueur depuis la confluence de l’Ebola et de la Dua, la Mongala est longue de 350 km. Mais si l’on prend en compte la source de son affluent le plus lointain donc la source de l’Ebola, dans ce cas la Mongala possède une longueur de 600 km. Les rivières Ebola et Dua coule toutes les deux en direction Ouest mais ce n’est qu’après Businga que la Mongala prend la direction sud jusqu’à sa sortie de la province du Nord-Ubangi où elle devient la frontière naturelle entre les provinces de Mongala et Sud-Ubangi sur 300 km. Elle matérialise à nouveau la frontière entre les provinces de Mongala et Equateur sur 11 km avant d’entrer complètement dans cette dernière où elle se jette dans un chenal du fleuve Congo, dans le territoire de Makanza. Le bassin versant de la Mongala a une superficie d’un peu plus de 50'000 km2 et est à cheval sur le territoire de 4 provinces.
Principaux affluents de la rivière Mongala:
- Dua (223 km)
- Ebola (250 km)
- Banga Melo (128 km)
- Libala (90 km)
- Likame
- Motima (105 km)
- Sumba (75 km)
- Etepo (47,4 km)
- Luabo (45,8 km)
- Okongo (46,5 km)
- Mokabi (63,5 km)
- Liango
- Banga
- Yowa